در سال های 1988 و 1989 در عراق گروهک منافقین در نسل کشی کردهای عراق با صدام همکاری کرد.
در جریان این عملیات که به انفال کردها مشهور است ،از فوریه تا سپتامبر 1988 که در استان های کرکوک، دیاله، نینوا و صلاح الدین، اجرا شد، بیش از سه هزار روستا نابود و بیش از 182 هزار جمعیت بی دفاع از سوی ارتش و ماموران امنیتی عراق به قتل رسیدند و شهرهای حلبچه، طویلا، خورمال، سید صادق، پینجوین، قلعه دیزه، سنگ سر، جوارتا، قلاچولان و ماوه ت به تمامی ویران و از سکنه خالی شدند.
اتفاقی که به عنوان نسل کشی در بسیاری از کشورهای جهان پذیرفته شده و علیه آن قطعنامه صادر شد.
”
مدتی پیش تعدادی از جداشدگان گروهک منافقین، در نامه ای این عملیات را تشریح کردند و نوشتند:« بزرگترین اتحاد عمل مجاهدین خلق با دیکتاتور وقت یعنی صدام حسین در عملیات کردکشی شکل گرفت که سازمان مجاهدین آن را مروارید نامید.
دیکتاتور وقت عراق که در داخل کشورش به سرکوب قوم‌ها و اقلیت‌های عراقی به طور خاص کردها پرداخته بود، در همین حال به کویت هم حمله کرد که با مقابله آمریکا مواجه شد، در این هنگام کردهای عراقی در شمال عراق که سالیان سال برای آزادی و دمکراسی جنگیده بودند فرصت را مغتنم شمردند که به دیکتاتوری یکی از دیکتاتورهای زمان پایان دهند و دیکتاتور وقت که به شدت نگران از دست دادن کنترلش بود مجبور به فرستادن نیروهای زیادی برای پاکسازی کردها به شمال عراق شد و مجاهدین همانطوری که همیشه رهبریشان به وضوح می گفت که ادامه حیات خودشان را در ادامه حیات دیکتاتور عراق می دیدند، به دست و پا افتاده و به صدام وعده دادند که کردها را به مجاهدین بسپارد و او به جنگ کویت بپردازد و خودش را درگیر پاکسازی کردها نکند. بلافاصله مسعود رجوی و مریم قجرعضدانلو فرمان حمله به کردها را صادر کردند و حتی در فیلم‌هایی که هنوز در داخل خود سازمان موجود است، مریم قجرعضدانلو فرمان داد تا کردها را با تانک‌ها زیرگرفته و از هدردادن گلوله جلوگیری شود . درفیلم‌هایی که بعد خود سازمان آنها را از بین برد، کردهایی را نشان می داد که با لباسهای کردی در زیر تانکهای مجاهدین له شده بودند , دختران جوان و کودکانی که بر اثراصابت گلوله نقش زمین شده بودند.»
