25 تیرماه سال 1390 در یکی از محلات شرق تهران شهید علی خلیلی 19 ساله در حین بازگشت از هیئت در حالی که همراه چند نفر از شاگردان یک مدرسه بود به واسطه امر به معروف و نهی از منکر مورد ضرب و شتم قرار گرفت که در نهایت بعد از گذشت حدود 2 سال منجر به شهادت وی شد.
2 خردادماه سال 93 اولین جلسه دادگاه رسیدگی به پرونده شهید علی خلیلی با ریاست قاضی حسین اصغرزاده و با حضور اولیای دم مقتول و نماینده دادستان در شعبه 113 دادگاه کیفری استان تهران برگزار شد.
در جریان برگزاری این دادگاه و پس از اظهارات اولیای دم و همینطور پس از دفاعیات متهم، زمانی وکیل متهم در جایگاه حضور یافت و پس از ارائه لایحه دفاعی خود در 5 صفحه به ریاست دادگاه، اظهارداشت: ما تقاضای بررسی نظریه پزشکی قانونی نسبت به قتل علی خلیلی را داریم مبنی بر اینکه چه مقدار جراحت وارده بر شهید علی خلیلی منجر به تسریع در مرگ وی شده است.
زمانی تاکید کرد: هیچ مزاحمت نوامیسی بر اساس تحقیقات صورت گرفته که در گذشته انجام شده توسط متهم صورت نگرفته و بنده تقاضای برائت متهم از اتهام قتل عمدی را دارم.
در ادامه این جلسه قاضی اصغرزاده خطاب به زمانی وکیل متهم تذکر داد، دادگاه فقط براساس مضامین قانونی حکم صادر خواهد کرد و هیچگونه مسائل حاشیه‌ای تاثیری در تصمیم‌گیری ما نخواهد داشت و به آنچه از نظر حقوق و قضایی مشخص است، عمل خواهیم کرد.
با ابلاغ گزارش پزشکی قانونی به متهم، 30 شهریور ماه دومین جلسه محاکمه ضارب شهید خیلی برگزار شد و در نهایت دادگاه ضارب طلبه آمر به معروف و ناهی از منکر را به قصاص نفس محکوم کرد، اما با اعتراض متهم به رأی صادره، پرونده برای رسیدگی در مرحله تجدید‌نظر به دیوان عالی کشور ارسال شد.
محسن افتخاری، سرپرست دادگاه‌های کیفری استان تهران، از تأیید حکم اعدام ضارب علی خلیلی خبر داد و گفت: حکم اعدام ضارب علی خلیلی از سوی دیوان عالی کشور تأیید شده و به زودی به اجرا در می‌آید.
